原能會為我國原子能業務主管機關，負責國內核能電廠、核子設施及輻射作業場所的安全監督，其中「行政院原子能委員會放射性物料管理局」（簡稱物管局），專司國內放射性廢棄物之安全管制。

物管局依放射性物料管理法第22 條之規定，每年除執行年度定期檢查及例行檢查外，並不定期派員至蘭嶼低放貯存場進行查核，相關管制紀要均公告於物管局網頁。

為確保蘭嶼低放貯存場營運安全，物管局亦要求本公司定期提報蘭嶼貯存場有關之運轉、輻射防護、環境監測等報告。

滲入貯存溝內之雨水，經收集於密閉之集水池後，先以蒸發器處理至其放射性活度小於儀器最小可測量後，以貯存桶暫存，於貯存場內回收使用；另洗衣廢水亦經蒸發器處理至儀器最低可測量以下重覆回收使用，殘渣及濃縮液約僅3%，並予以固化處理；自85年起，即未排放放射性廢水。

根據以往蘭嶼地區之流行病學調查結果，並未發現居民癌症罹患率有異常現象。根據衛生署87年、88年委託學術研究單位執行「核能設施附近環境及居民之流行病學調查」結果顯示，核能設施附近居民之健康狀況(研究組)與一般民眾(對照組)相比並無差異。

根據衛生福利部統計處網站之各鄉鎮106~110年之死因統計資料顯示，蘭嶼居民癌症標準化死亡率(每10萬人發生人數)大多與鄰近鄉鎮(綠島、臺東縣達仁鄉、臺東市、屏東縣牡丹鄉、滿州鄉)平均值相近，並未發生異常現象。雖無顯著原因可證明蘭嶼低放貯存場與附近居民之健康狀況相關，為避免鄉民不必要之猜疑並消除鄉民疑慮，本公司以最直接且實際之方式，自民國88年起，陸續邀請鄉民至本公司核三廠放射試驗室，量測體內是否有人工放射性物質存在。至106年9月底止，共計完成4,272人次。計測結果無鄉民體內遭受人工放射性核種入侵，並已發送參與活動之鄉民。