針對外界指控台電「隱瞞」瑞芳保育區，並指稱台電在環差審查時僅以2、300字「敷衍」帶過保育區問題，台電澄清，環評的程序是公開的，相關的結論與說明也都有完整的紀錄，三次專案小組會議的結論與台電的回應都很清楚，台電從頭到尾都沒有任何的隱瞞或敷衍。

台電指出，深澳計畫環評為民國95年通過，後新北市於民國103年在深澳灣附近公告劃設「瑞芳保育區」，針對該保育區範圍的調整，台電曾於105年5月20日就瑞芳保育區調整事宜赴新北市政府漁管處進行拜會溝通，後於環評過程中，台電前後有三次都有就保育區進行討論或說明，羅列如下：

第一次說明：在第一次環差會議之前給環評委員意見答覆說明中，記載105年5月20日拜會新北市漁業及漁港事業管理處對於保育區範圍調整的共識。

第二次說明：106年6月15日專案小組第一次環差會議，台電簡報中文字有提及，環差報告書當中第6-2章節中也有載明，且曾就保育區的問題進行討論，該次會議作成結論要求經濟部就漁業署意見辦理釐清作業。

第三次說明：106年9月20日第二次環差會議，台電於會中提供說明資料向漁業署說明開發案情形。

台電補充，在後續第三次環差會議及環評大會審查過程，新北市政府及漁業法主管機關漁業署均表示無新增意見。

台電表示，自始至終皆未「隱瞞」保育區的調整，籲請外界回歸事實討論，有關外界對深澳超超臨界(USC)電廠計畫諸多指教，台電會持續傾聽溝通。

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